[...] Frate Francesco, quando si aggravò, fu riportato alla Porziuncola dove morì nella notte fra il 3 e il 4 ottobre 1226. Il suo corpo fu portato prima a San Damiano, dove Sorella Chiara gli diede l'ultimo addio, e venne sepolto ad Assisi nella chiesa di San Giorgio.
San Francesco venne canonizzato il 19 luglio 1228 da Papa Gregorio IX.
Il 25 maggio 1230 la salma fu trasferita dalla chiesa di San Giorgio all'attuale Basilica di San Francesco fatta costruire da frate Elia, tra il 1228 e il 1230, su incarico dello stesso Papa Gregorio IX.